腾退清理拆迁过程中有大量问题需要研究，才能将利益方损失降到最低。北京才良律师事务所律师王才亮表示，北京城中村、郊区农村土地建筑很多都没有走法定的征地—收归国有—招拍挂程序，由村、镇（乡）主导的买卖交易，这类建筑是否就是违法建筑，政府是否可以无偿拆除？目前尚具争议。

分析人士指出，这些分歧都不可避免地会为试探性谈判带来一定负面影响。要想谈判顺利进行，各方恐怕都需要作出不小的妥协。

《故宫博物院深耕的年轻人:上屋顶、下库房、修文物》肖金成认为，北京应该坚持对全域进行规划，而不仅仅是对城六区的规划，将郊区排除在外。