蔡当局上台后，通过“不当党产处理条例”，大力清算国民党党产，国民党党工甚至一度面临“断炊”危机。为了让国民党能正常运作，国民党主席吴敦义被曝上任至今只能靠借钱度日，债务累积已超1.5亿新台币（约合人民币3305万元）。

除了上述职务，他还有诸多学术兼职，包括教育部高校历史学科教学指导委员会委员、中国社会史学会常务理事、中国经济史学会理事、太平天国史研究会常务理事、日本广岛历史学会海外评议员等。

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